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Se han investigado tres niveles de responsabilidad del ex mandatario. Uno primero se refiere al aprovechamiento indebido de donaciones llegadas de Japón, a través de las ONGs: AKEN y APENKAI, formadas por el círculo familiar y amical del ex presidente para fines ilícitos. Estas instituciones no cumplieron con la presentación anual de los informes de actividades realizadas, con la indicación de los proyectos o actividades a los que se destinaron los recursos recibidos por cada fuente cooperante, así como con la información actualizada para un período de dos años, sobre las actividades previstas y recursos previsibles provenientes de cooperación técnica internacional, señalando las fuentes cooperantes, consejo directivo vigente, dirección legal y copia literal certificada actualizada.
Un segundo aspecto analizado es la responsabilidad de Alberto Fujimori en la política de violación sistemática de los Derechos Humanos, en su calidad de Jefe Supremo de las Fuerzas Armadas y conductor de los Sistemas de Inteligencia. No sólo existen testimonios que demuestran que Alberto Fujimori tuvo conocimiento de la existencia del Comando Paramilitar Colina y de los secuestros y asesinatos realizados por éste, bajo la denominación de "Operaciones Especiales de Inteligencia". También existen evidencias concretas de que Alberto Fujimori y los principales dirigentes y representantes políticos del oficialismo entre 1990-2000, actuaron conscientemente para sustraer a los culpables de la acción de la justicia, amparándolos en la impunidad.
Un último caso estudiado en este tema, es la intervención del ex Presidente Alberto Fujimori en el encubrimiento de los principales responsables del tráfico de armas a las FARC en junio de 1999. En este terreno se ha determinado que la operación fue realizada por operadores vinculados estrechamente a la red de corrupción, especialmente relacionados con Vladimiro Montesinos. El ex Presidente, lejos de disponer las investigaciones correspondientes, protegió al ex asesor y ocultó información a la opinión pública.
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